capitolato e contratto

[VAGIA73]

Buongiorno,
ho rilevato una discordanza tra capitolato d'oneri e contratto di concessione di servizio.
Nel capitolato d'oneri si parla di "base d'asta" di tot euro senza specificare al netto d'IVA o compreso IVA.
Nel contratto è stato inserito lo stesso importo con la dicitura "compresa iva 4%).
Abbiamofatto un interpello all'Agenzia delle entrate per capire se l'importo fosse da assoggettare a IVA e abbiamo avuto risposta (con silenzio-assenso) che non doveva essere assoggettata a IVA.
Il problema ora è il seguente: ci viene chiesta l'IVA incassata secondo il concessionario e non dovuta (poichè secondo l'Agenzia non soggetta). il concessionario ha sempre versato la cifra mensile che secondo il capitolato era senza iva e secondo il contratto è compresa iva.
Quale atto ha più valore (se è possibile stabilirlo)? E che soluzione si potrebbe adottare?