IVA COMMERCIALE

Buon giorno, sono il responsabile di un piccolo Comune.. 1.800 ab. e solo da quest'anno abbiamo istituito l'iva commerciale; in pratica sulle fatture oggetto di attività commerciale trattengo l'iva sul titolo 3. La mia domanda è: questa iva rimane nelle casse del Comune? Deve essere versata allo Stato? deve essere gestita con le dichiarazioni iva?