pagamenti anticipati rispetto alla fattura

buongiorno a tutti, volevo un confronto su una criticità che si è verificata presso il mio ente. ci è capitato di pagare alcune spese anticipatamente rispetto alla emissione della fattura (ad esempio le note pro-forma degli avvocati, i biglietti di una visita guidata organizzata dal comune e qualche altro sporadico caso); ora però siamo in difficoltà con la gestione informatica delle fatture elettroniche emesse successivamente a questi pagamenti e la software house sostiene di non poterci aiutare in quanto modalità non corretta. abbiamo già emanato una direttiva per evitare che si verifichino ancora questi casi, ma mi domando se esistano delle norme che legittimino un pagamento anticipato e dunque se non debba essere la software house a doversi adeguare implementando una funzionalità per gestire tali fattispecie. a qualcuno di voi sono capitati casi analoghi, e le vostre software house?
ringrazio tutti per l'aiuto
buon lavoro
ringrazio tutti per l'aiuto
buon lavoro