Pagamento fattura e debito dell'azienda

L'ente ha da pagare fattura ad azienda che ha effettuato lavori presso l'ente per 15000 euro. L'azienda risulta debitrice nei confronti dell'ente per oltre 15000 (tassa rifiuti anni precedenti non ancora trasmessa ad Equitalia). Come occorre comportarsi?
Grazie
Luca
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Luca