pagamenti in acconto senza fattura

Salve, per poter procedere alla pubblicazione di un avviso sulla Gazzetta Ufficiale della regione siciliana occorre provvedere preliminarmente alla liquidazione della spesa sulla base di un preventivo; dopo l'avvenuta pubblicazione l'Uff.Legislativo e Legale della Regione trasmette la fattura. A seguito dell'entrata a regime della fatturazione elettronica e della scissione dei pagamenti, l'Ufficio Ragioneria non procede più al pagamento sostenendo che sulla base del T.U.EE.LL. occorre necessariamente l'emissione della fattura e che non si può collegare la fattura ad un mandato emesso prima della sua ricezione. A queste osservazioni l'Ufficio di pubblicazione della GURS risponde che può provvedersi con un "anticipo in conto fattura", si paga l'imponibile, si accantona la somma per l'IVa che verrà erogata all'erario dopo il ricevimento della fattura elettronica. Due posizioni (da una parte la GURS e dall'altra la Ragioneria) diametralmente opposte che stanno creando nel mio ente il blocco delle gare. Qualcuno potrebbe aiutarmi e suggerirmi una soluzione corretta?