FATTURAZIONE LIBERO PROFESSIONISTA CON IVA ERRATA

Buongiorno, ho ricevuto una fattura di un libero professionista che ho regolarmente pagato due mesi fa. Ora il professionista mi comunica che ha cambiato il regime IVA e che pertanto la fattura doveva essere emessa senza IVA. Mi ha detto che mi manderà nota di credito , nuova fattura senza IVA e mi farà un bonifico per L'IVA che gli ho versato è corretto? E soprattutto contabilmente come registro la cosa a pagamento ormai avvenuto? Grazie