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Un contribuente che ha l'abitazione principale nel centro urbano, può usufruire della pertinenza di un magazzino che si trova in campagna?

Lui può anche dichiararla come tale, ma personalmente non la considererei. Il buon senso, come dice Lucio, non va tenuto da parte.

in realtà nelle grandi citta è frequente che si affittino c2 o c6 fuori dai centri storici che vengono utilizzati come deposito di cose( vestiti fuori stagione giocattoli-libri) o bici o auto, visti i prezzi di tali locali nei centri .... in realtà sono asserviti all'immbile principale...

A mio avviso manca l'elemento oggettivo ovvero la durevolezza del vincolo pertinenziale. Il garage è sito altrove, talmente altrove che può essere ceduto singolarmente senza l'abitazione principale e/o affittato singolarmente e/o rimosso singolarmente. Ciò fa si che sia prevalente, se non esclusiva,la sola scelta del contribuente e quindi che vi sia il solo elemento soggettivo, venendo meno a quanto stabilito dal c.c. e dalla giurisprudenza in merito.
Peraltro ricordo sentenze che citano anche la contiguità (nel senso di spazio) che vi deve essere tra bene principale e pertinenza.