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ho il caso di una cessazione di un dipendente.
la cessazione + avvenuta al 03.09.2016.
per il mese di settembre perciò dovrò pagargli solo 3/26esimi dello stipendio.
se elaboro la busta paga ... mi viene negativa.
cioè quanto prende il dipendente per il mese di settembre non è sufficiente ad effettuare correttamente il conguaglio fiscale.
se dallo stipendio (3/26esimi) tolgo l'irpef, le addizionali anno precedente e le addizionali anno corrente vado in negativo.

cosa devo fare?

soluzione:
trattengo l'irpef, le addizionali anno precedente e SOLO PARTE delle addizionali anno corrente .... poi nella CU nelle annotazioni specificherò che non è stato fatto il conguaglio fiscale e che deve presentare la dichiarazione dei redditi (tanto ha un' altra CU)

vado bene così o devo fare diversamente?

Domanda stupida: oltre ai 3/26 di stipendio settembre ci sarà compreso anche il rateo di 13ma fino al 3/9 giusto?
Anche io gestirei come hai detto: trattenuta per intero dell'Irpef e parziale sulle addizionali comunicando al dipendente la quota non trattenuta che lui dovrà versare in autonomia entro il 31/12