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con sentenza del giudice del lavoro l'ente è stato condannato a pagare ad un dipendente le differenze retributive relative a più anni + TFR.
in sede di liquidazione e pagamento della somma stabilita in sentenza (e sia per le differenze retributive che per il TFR maturato) non sono state effettuate le relative trattenute.
la somma prevista in sentenza è stata in sostanza pagata al lordo ... delle trattenute fiscali e delle trattenute previdenziali (per le differenze retributive).

ancora non è stata fatta la Certificazione Unica e nemmeno deciso sul da farsi:
1. descrivere in CU cosa realmente avvenuto .... cioè, indicare ad esempio (per le differenze retributive) redditi a tassazione separata per XXXX e senza indicazione delle ritenute

2. versare ora per allora + ravvedimento operoso + cercare di riottenere quanto pagato a titolo di imposta dal dipendente in questione ... in questo caso in CU indicherei (sempre per le differenze retributive) redditi a tassazione separata per XXXX, trattenute per YYYY che l'ente intanto versa con ravvedimento e poi cerca di farsi rimborsare dal dipendente in questione.

spero di essere stato abbastanza chiaro ...

io lascerei stare così ormai è fatta e l' operazione di recupero e ravvedimento per indicare retroattivamente una trattenuta non è certo regolare. Inoltre visto che la tassazione separata viene riliquidata d'ufficio senza sanzioni e interessi da parte dell'erario verso il contribuente almeno verso quest'ultimo non ci dovrebbe essere danno.

in caso di mancata trattenuta, non sono previste delle sanzioni a carico del sostituto?

grazie paolo, ma qui il caso è diverso.
non si tratta infatti di mancato versamento delle trattenute effettuate.
nel caso in specie infatti le trattenute non sono state fatte ...

secondo me è il male minore perchè anche farsi fare il bonifico per far risultare una trattenuta fatta ora per allora e poi fare un ravvedimento mica è tanto ordinario!!! Può capitare di sbagliare una ritenuta o di ometterla ma se tutto viene certificato verrà tutto regolarizzato.