Se la trattenuta avviene sull'importo netto dopo aver calcolato imposte e contributi, si avrebbe una situazione in cui questi vengono pagati due volte sulla stessa somma: la prima volta (sul lordo) quando il dipendente le ha indebitamente percepite e la seconda (sul netto) quando le restituisce. Anche l'Amministrazione pagherebbe allo stesso modo gli oneri riflessi.
Se invece detrai l'importo netto indebitamente percepito dallo stipendio lordo, il dipendente pagherebbe all'incirca dal 30 al 40% in meno di quello che ha effettivamente avuto.
La soluzione matematicamente più pratica è quella di "Giacco 71" che ha anche il vantaggio di riallineare in un colpo solo gli imponibili pensionistici e fine rapporto che altrimenti rimarrebbero maggiorati indebitamente.
Però la sentenza del CdS c'è e si deve rispettare. L'unico rimedio praticabile, credo, sia quello di calcolare lo stipendio così com'è e, successivamente, ridurre l'imponibile dell'importo netto che si andrà poi a recuperare.
Questo sistema può andar bene per il recupero di una somma corrisposta una-tantum, ma se l'importo è stato erogato per anni, gli imponibili (e quindi le ritenute IRPEF, addizionali comunali, regionali e le detrazioni fiscali) saranno variati nel tempo.
Come fai a stabilire quanto è l'importo netto effettivamente percepito in più?
Ricalcoli tutte le buste paga e poi fai la differenza mese per mese?

... Buona fortuna!